磁控溅射机的工作原理是，磁控溅射机中当电子在电场中飞入基片时，同氩原子碰撞，经离子化而获得Ar正离子和新电子，新电子飞入基体后，在电场作用下加速飞向阴极靶，以高能轰击目标表面，造成目标溅射。对于溅射粒子而言，中性目标原子或分子沉积在基体上形成薄膜，而次要电子受电场、磁场的影响，E(电场)×B(磁场)所指的方向漂移，简称E×B，其运动轨迹是摆线。假设是一个环状磁场，那么电子将在目标表面作近似摆线的圆周运动，其运动路径不仅非常长，而且仅限于接近目标表面的等离子体区域，而且会有大量的Ar离子体，达到很高的沉积速率。磁控溅射机中随碰撞次数的增加，次级电子能量耗尽，逐渐远离目标表面，通过电场E进入基板。衬底上的电子传递能量很小，导致基板温升减小，从而降低了基板温度。

磁控制溅射是物体与入射物体的碰撞。入射体经过一系列复杂的散射过程，磁控溅射机与目标原子发生碰撞，将其中一部分的动量传递给目标原子，从而与其它目标原子发生碰撞，形成级联过程。这样的层叠过程中，目标原子在某一表面附近会产生足够的外向运动，使其远离目标。